À Porto Santo, plusieurs îlots font partie d'un réseau d’aires marines protégées, en raison de leur importance du point de vue de la biodiversité.

Au total, il y a 6 îlots : Cenouras, Cal (ou de Baixo), Farol (ou de Cima), Rocha do Nordeste (ou de Fora), Fonte da Areia et de Ferro. La visite des îlots nécessite une autorisation préalable de l'Institut des forêts et de la conservation de la Nature, l'Ilhéu da Cal étant l'un des plus recherchés en raison de son histoire, étroitement liée à l'extraction de la chaux.

Elle préserve la flore endémique de ses falaises et de l'Ilhéu da Viúva adjacent - habitat potentiel du phoque moine. L'accès se fait par le téléphérique qui part du Belvédère da Rocha do Navio à Santana et se termine près de sa plage de galets. Son nom est dû au naufrage d'un navire au XIXe siècle.

Elle offre des conditions uniques pour la plongée et permet un contact étroit avec des espèces inoffensives comme les mérous (Epinephalus guaza). Elle est située sur la plage de Garajau, à environ 15 minutes en voiture de Funchal. L'accès se fait en voiture ou en téléphérique depuis Ponta do Garajau.

Elle est constituée de deux îles d'origine volcanique, situées à environ 300 km au sud-est de l'île de Madère. Selvagem Grande est l'île principale où se trouve la station de soutien à la zone protégée et où sont menés plusieurs projets de recherche et de conservation des habitats naturels et de la biodiversité. Selvagem Pequena possède plusieurs îlots et est recouverte de sable calcaire.

C’est la première réserve nationale du Portugal, classée en 1971. La seule île qui peut être visitée est Selvagem Grande, avec l'autorisation préalable de l'Institut des forêts et de la conservation de la Nature. Ces îles sont des lieux importants de préservation et de conservation des oiseaux de mer de Macaronésie, en particulier le Puffin cendré (Calonectris borealis).

Ces trois petites îles, Ilhéu Chão, Deserta Grande et Bugio, au sud-est de l'île de Madère, sont un refuge et une zone de conservation pour le phoque moine (Monachus monachus), un centre de nidification pour les oiseaux de mer et de conservation d'espèces rares de la flore endémique.

La seule île qui peut être visitée est Deserta Grande, avec l'autorisation préalable de l'Institut des forêts et de la conservation de la Nature ou grâce à des bateaux touristiques dûment autorisés. Sur l’île de Deserta Grande, vous pouvez faire une visite guidée du parc naturel et faire de la plongée ou du snorkeling, près de la plage. Le voyage en bateau de Funchal à Deserta Grande dure environ 3 heures.